Madoka Kaname arkadaşı Sayaka Miki ile birlikte liseye giden sıradan bir kızdır. Bir gün karşılarına kediye benzeyen Kyubey adında bir hayvan çıkar. Kyubey onlara bir dileklerini gerçekleştirebileceğini söyler. Ancak bunun karşılığındaysa büyücü kız olup cadı denen varlıklara karşı savaşmaları gerekmektedir. Bu tekliften bir gün sonra Akemi Homura adında başka bir kız gelip Madokaya teklifi ne olursa olsun kabul etmemesini söyler. Aynı gün Mami Tomoe adında kendilerinden bir üst sınıfta olan başka bir büyücü kızla karşılaşırlar. Mami de Madoka'yı büyücü kız olmaya davet eder. Kararsızlık içinde kalan Madoka, arkadaşı Sayaka'nın da büyücü kız olup Madoka'yı büyücü kız olmaya davet etmesiyle daha büyük bir çelişkiye düşer. Bölümler ilerledikçe çelişkiler büyüyecek ve ortaya çok daha korkunç ve karanlık gerçekler ortaya çıkacaktır.