Işık Takvimi, yıl 2045. Kıyı şeridinin büyük ölçüde denizin altına gömüldüğü bir dünya. Yukari Fujikura adında genç bir adam, kayıp büyükbabasını bulma arayışı sırasında “Suika” olarak bilinen deniz canavarının saldırısına uğrar. Hayatını tehdit eden bu durumda kurtarıcısı, bir deniz fenerinin içinde yaşayan ve ışığın vücut bulmuş hali olan “Işığın Koruyucusu” olur. Suika’ya karşı savaşan ve “Haç Ajansı” olarak bilinen örgüte katılan Yukari, amirleri Sen Nakazawa ve Akiko Douke ile birlikte deniz fenerlerinin etrafında bir yolculuğa çıkar. Nihai hedefleri dünyanın geleceğini kurtarmaktır…