16. yüzyılın sonlarında Sengoku dönemi Japonya’sında büyüyen Shinmen Takezou, vahşi ve şiddet dolu doğası nedeniyle yerel köylüler tarafından şeytan çocuk olarak dışlanır. Takezo, 17 yaşındayken bir arkadaşıyla birlikte evden kaçarak Sekigahara Savaşı’nda Tokugawa klanıyla savaşmak üzere Toyotomi ordusuna katılır. Ancak Tokugawa ezici bir zafer kazanır ve yaklaşık üç yüz yıllık Şogunluk yönetimine yol açar. Takezo ve arkadaşı savaştan sağ çıkmayı başarır ve sonrasında hayatlarında büyük işler yapacaklarına dair yemin ederler. Ancak yolları ayrıldıktan sonra Takezo aranan bir suçlu haline gelir ve alçakça bir ölümden kaçmak için adını ve doğasını değiştirmek zorunda kalır. İkili ayrıldıktan sonra Shinmen, Matahachi’nin hayatta kaldığını Hon’iden ailesine bildirmek için kendi tayin ettiği bir görevle eve döner. Bunun yerine kendisini aranan bir suçlu olarak bulur, şiddet geçmişine dayanarak arkadaşının sözde cinayetiyle suçlanmıştır. Yakalandıktan sonra bir ağaca asılır ve ölüme terk edilir. Gezgin bir keşiş olan seçkin Takuan Soho, “şeytan çocuğa” acıyarak Shinmen’i gizlice serbest bırakır ve yetkililer tarafından takip edilmesini önlemek için ona yeni bir isim verir: Musashi Miyamoto. Vagabond, Japonya’nın en ünlü kılıç ustalarından biri olan “Kılıç Azizi” Musashi Miyamoto’nun hayatının, “Göklerin Altında Yenilmez” olmaktan başka arzusu olmayan bir kılıç ustasından, yavaş yavaş yakın arkadaşların, kendini düşünmenin ve hayatın kendisinin önemini öğrenen aydınlanmış bir savaşçıya yükselişinin kurgusal bir yeniden anlatımıdır.