2015 yılında “Melekler” geri döner ve 14 yaşındaki Shinji Ikari, Yeni Dünya’nın bir çocuğu olarak, babası Gendo tarafından — gizli organizasyon NERV’in komutanı — Evangelion adı verilen korkunç biyomekanik silahı kullanmaya zorlanır. Onun görevi, Meleklerin dehşet verici gücüne karşı koymaktır…